与很多初创公司的率性管理不同，成立仅两年的“1号店”一开始就推行包括负责人例会、商务回顾会、Deep dive等在内的“系统化管理”，环环相扣。
“1号店”网站上售出商品的平均价格比传统卖场和超市便宜5%；网站购买转换率达3.5%-4%，而行业平均水平是千分之五；平均客单价不如京东商城，却高于当当等知名网站；而且，库存周转天数仅为25天，低于业界30天的平均水平。
公司成立只有两年时间，但是仓库已经几次升级，从最初的4000多平米拓展到现在的2万平米，计划未来拓展到7万平米，商品种类也从最初的几百种变为目前的5万多种。
与只卖某类产品的垂直性B2C网站相比，综合类电子商务网站出售的商品种类和规格更多，货物储存、包装和运输都更为复杂。而与传统零售业仓储相比，电子商务由于增长迅速、产品种类增加频繁，常常来不及提前进行仓储规划，这对仓储调度的弹性和协调能力提出了更高要求。
如何最有效率地将产品送到消费者手中？在仓库的一角，率先划出一片收货区。“1号店”1000多个供应商每周按照合同在此向仓库供货。这些体积、规格不一的货物卸车后，将根据系统提供的“动销率”数据被分放在不同区域。在距离收货区不远的另一个区域，被分类归置完毕的商品整齐地排列在一个个开放式货架上（仓储区）。工人们忙碌穿梭于各个区域。在客户订单下达后的15分钟后，这些有效的订单便到达了工人手中，他们按照每个订单的需求进行“拣货”（摘果法），这些货物被集体放在一个拣货柜中。在随后的几分钟内，分拣好的商品会被进行“审核”。
在这个过程中，负责包装的工人也是“马不停蹄”。每听到电脑提示“完成”之后，他们立刻要将货物进行包装。由于每个订单的需求都不同，货物体积也不一样，负责包装的工人必须在7种不同类型的箱子中间做出最好的选择。
仅仅1小时后，顾客从网站上购买的商品已经被完好地打包装箱，放在相应地区配送站点上。每当夜幕降临时，负责商品配送的货车便开始陆续驶入，将包装好的“订单”装车。
只要是8点以前生成的有效购买，上海地区保证第二天下班前到达。流程还在不断优化改进中，从7月份开始，浦东张江地区的货物将实现“一日三送”，也就是说，客户可以任意选择早、中、晚三个不同时段选择收货。
仓库的井井有条，很大程度上要归功于后台仓储管理系统。这是“1号店”自主研发的一个系统。仓库流程的每一个环节流程依据，都要经过系统的指示和认证，而库存的动态信息，又成为系统进行预测管理的基础。比如，一旦库存超过一定指标或者缺货，系统便会自动发出预警。通过这个系统，1号店的管理者能够随时掌握每类产品的详细信息，比如缺货率、库存周转、动销率，从而对销售、市场、供应商管理等其他运营活动做出指导。
虽然从表面上看电子商务只是提供一个平台，更有效率地提供购买服务，但在用户简单的点击行为背后，则是来自系统、仓储、配送、采购以及客户关系管理的强大挑战。
事实上，有机会看到这套系统的人，都会感到一切看起来如此简单却又令人震撼。这套覆盖了各个主要部门的系统，可以实时提供一切关于经营的数据。比如，网站的注册人数、新增会员；每类产品的历史销售、库存状况、利润率；物流部门的每单包装成本、发货准确率、破损率、配送成功率；呼叫中心的话务走势、客户投诉分析。而系统的另一大功能，则是在数据搜集的基础上进行智能分析，并提供预警、分析、预测。
综合类B2C网站最终能否盈利的关键在于“可拓展性”，也就是说，你这个平台，卖一个产品可以，卖一百个产品也可以，卖一千个产品也没问题，只有这样才有可能长期发展下去。
尽管两位创始人并不确知网站究竟需要提供多少种产品后才能达到这个盈利的“临界点”，但这种对于B2C盈利模式的洞悉，使得公司从一开始便对后台系统进行了高标准的严格设定。这也让“1号店”在运营前期体现出了一种与行业其它B2C网站非常不同的运营策略——该公司没有将大把资金投向购物节目、电视和杂志广告，而是把钱花在网站技术研发和基础IT架构方面。
迄今为止，“1号店”所有的后台管理系统都系自行研发，并且拥有124个软件著作权。该公司最近一笔投资仍然专注于技术领域。他们在南京设立了一个研发中心，用于后台系统的优化和进一步研发。比如，近期他们决定给仓储管理系统增加一个新功能，将商品的体积自动录入，这样系统便会自动计算出用多大体积的包装箱更合适，节约包装成本。
在后台系统强有力的支撑下，1号店像一部高速运转的精密机器：自2008年7月网站上线以来，销售额以每月不低于30%的速度增长，商品种类也从原先的5个大类升至10大类，出售商品达5万余种，而公司位于张江的办公场地，也从一层演变为三层，员工规模升至930人。